Analiza efektów psychoterapii przysparza wiele trudności. W badaniach z konieczności
przyjmuje się założenia o jednolitości psychoterapeutów (zwłaszcza, jeśli reprezentują te sama
szkole psychoterapeutyczna) i jednolitości pacjentów (jeśli maja te sama diagnozę). Psychoterapeuci różnią się jednak między sobą płcią, wiekiem, właściwościami osobowościowymi,
systemem wartości, doświadczeniem klinicznym i kwalifikacjami, pacjenci zaś głębokością
zaburzeń, aktywnością w toku psychoterapii, motywacja, inteligencja, wykształceniem, ogólną
sytuacja życiową i innymi cechami, co ma niekontrolowany wpływ na efekty psychoterapii Białystok. Nie bez znaczenia są tez warunki, w jakich przebiegają sesje terapeutyczne, czas ich trwania i częstotliwość
spotkań.
Porównywanie wyników różnych badan nad różnymi metodami psychoterapii pociąga za sobą
dalsze poważne ograniczenia. Do pomiaru efektów psychoterapii stosowane są różne narzędzia, o
odmiennym stopniu wrażliwości, co utrudnia porównywanie wyników. Ponadto odmienne szkoły
terapeutyczne inaczej formułują cele terapii i związane z nimi kryteria poprawy. W terapii
behawioralnej kładzie się nacisk na ustąpienie objawów zgłaszanych przez pacjenta, w
psychoanalizie - na uzyskanie wglądu, w terapii poznawczej - na restrukturyzacje obrazu własnej
osoby i otoczenia, w terapii Gestalt - na uznanie możliwości wyboru i wzięcie za niego
odpowiedzialności, w terapii skoncentrowanej na kliencie - na spontaniczność w ekspresji emocji.
Utrudnia to ustalenie, która ze szkół psychoterapeutycznych jest skuteczniejsza w udzielaniu pomocy.
Wśród proponowanych ogólnych kryteriów poprawy wymienia się: ustąpienie aktualnych
symptomów oraz postęp w funkcjonowaniu psychicznym i społecznym, oceniane przez
obiektywnych obserwatorów, samopoczucie, o którym informuje sam pacjent, funkcjonowanie
społeczne oceniane na podstawie relacji najbliższego otoczenia pacjenta, strukturę osobowości
pacjenta, oceniana przez klinicystów. Istnieje jednak pogląd, ze pacjenci zgłaszają się na
psychoterapie z różnego rodzaju problemami, wobec których cele psychoterapii winny być
formułowane odmiennie. Nie można by zatem przyjąć jednolitych, wspólnych dla wszystkich
pacjentów kryteriów poprawy.